1571 року на річках Сіверський Донець і Оскіл московський уряд установив сторожову службу — сім варт, завдання яких було повідомляти про наближення татар. У гирлі річки Балаклійка було побудовано третю варту.
Заснована у 1663 році, як козацька слобода полковником Яковом Чернігівцем. Тоді ж було побудовано острог-фортецю і житлові приміщення. На той час слобода мала 150 дворів, у яких жили 200 сімей.
1663 року тут оселилися черкаси, сюди прибуло кількасот українців з теренів сучасної Черкаської області на чолі з отаманом Черніговцем. Вони разом із російськими козаками збудували острог. Цей рік і вважають роком заснування Балаклії.
Зусиллями Якова Чернігівця приблизно у 1669 році було утворено Балаклійський козацький полк, Балаклія стає полковим містом. У 1677 році Якова Чернігівця за наказом московського царя Федора Олексійовича було відсторонено від полковництва, за формулюванням «за полкову провину». Відати полком було доручено Харківському полковнику Григорію Донцю. Полк було скасовано, а його територія була включена до складу Харківського полку. 1679 року місто стало частиною Ізюмської оборонної лінії.
Після відокремлення від Харківського полку, Ізюмського слобідського козацького полку у 1688 році, територія колишнього Балаклійського полку стала основою новоутвореного полку.
У XVIII столітті Балаклія — сотенний центр Ізюмського козацького слобідського полку; з 1765 року — центр комісарства. Балаклійська козацька сотня мала свій прапор з зображенням хреста, увінчаного короною. За даними на 1779 рік Балаклія — військова слобода Ізюмського повіту Харківського намісництва, що мала 2861 мешканця (2778 «військових обивателів» і 83 «власницьких підданих»).
У першій половині XIX століття поселення було назване Ново-Серпухов (Ново-Серпухів) — за назвою російського міста Серпухов. 1891 року селище — на той час слободу Зміївського повіту Харківської губернії — знову офіційно перейменовано на Балаклію. На межі XIX—XX століть населення Балаклії становило 5197 мешканців; у слободі діяли дві православні церкви, школа, поштова станція й телеграф, відбувалися щотижневі базарні торги і 5 щорічних ярмарків.
Див. також: 1-й Український козацький кінно-учбовий полк
Під час організованого радянською владою Голодомору 1932—1933 років померло щонайменше 647 жителів міста.
